红河分局是副处级事业单位，机关设置有：办公室、水文监测科、站网建设科、水情水资源科、档案信息科、水质监测科、财务科7个科室，下设16个水文测站，138个委托雨量站。

    水文监测科:负责全分局水文站、水库站的测验整编技术及水文资料的复审、汇编、资料质量的管理工作；贯彻执行水文规范，制定有关技术标准的补充规定；编制全分局水文测站站网、巡测规划并负责组织实施。

    站网建设科：编制全分局水文基础设施建设计划，负责建设管理工作；编制全分局水文测验仪器设备购置计划，负责配发工作；负责水文系统新测验仪器设备引进及推广应用；完成局领导交办的其他任务。

    档案信息科：对水文科技信息、科技档案及财务、文书档案进行规范化管理，逐步实现资料、文档信息的现代化管理；提供水文信息服务；负责云南省国家水文数据库的运行维护管理、水文数据装载和软件的开发和引进；负责水文信息服务系统、水文系统网络及办公自动化的规划、建设及管理；完成局领导交办的其他任务。

    水情水资源科：负责编制并下达全州防汛水情工作计划；编制报汛站网的规划及报汛通讯任务书；负责提供实时水文信息和水情预报及全分局水情管理；负责水情报汛先进技术和设备的引进与应用，水文自动测报系统计划的上报、建设工作；负责全分局防汛水情信息网络的建设、开发、管理和通讯设施的维修、养护及管理工作；编制全分局报汛设施建设、水文通讯、报汛设备购置计划。负责全分局水资源（水量）调查评价及水资源研究工作，编制年度水资源简报、公报工作；负责建立水资源评价系统及水资源预测预报系统（水量部分）；承担建设项目水资源论证工作；配合主管部门做好取水许可制度的实施；完成局领导交办的其他任务。

    办公室：协助局领导处理日常工作，协调机关各部门工作；组织局务会、局长办公会等全局性会议，负责催查、督办局发重要公文、文件；会同有关部门组织全分局性会议；组织综合性文件的起草工作；负责政策法规建设；协调有关处室开展对外技术合作与交流；负责秘书、信访、机要文件、文印、文书卷宗的归档整理；局机关职工医疗保险的有关工作；承担后勤服务工作；完成局领导交办的其他任务。

    财务科：组织编制水文系统各项经费预算计划并监督实施；负责水文系统财务计划和年度收支决算、全分局水文仪器设备和固定资产的财务管理；负责水文系统预算内（外）资金的管理及财务、会计管理，负责社会保险金及住房基金的财务管理；编制本系统水文基础设施建设改造计划，并监督检查建设项目的实施；负责分局基地建设计划编制；负责全分局水文系统仪器设备的采购、仓管、调拨工作；完成局领导交办的其他任务。

    水质监测科：编制全分局江河湖库及地下水水源地的水环境监测站网规划及运行管理和调整；负责归口管理全分局的水环境监测、评价工作；负责分局水环境监测中心及分中心的管理，组织分中心开展常规站网及界河的监测；负责全分局水环境监测资料的审查、审定和汇编，编制全分局水资源公报（水质）、主要江河湖库水资源质量通报和重要供水水源地水资源质量月报，做好《取水许可水质管理规定》的实施和取水退水的监测工作，配合水行政主管部门开展取水许可申请论证、建设项目水资源论证（水环境）工作；承担全分局水功能区划和保护规划工作；负责水环境监测设备计量器具和仪器的检定工作；负责全分局水环境监测设备（试剂）的购置、配发计划的编制和仓储管理、配发工作；承担红河州的常规监测任务；完成局领导交办的其他任务。

    16个基本水文测站:   根据各站具体监测项目，按照国家和行业标准的规定要求，对水量、水质等各种水文要素（信息）进行了科学地采集、记载、分析、传输、处理，即进行水文测报工作；配合上级主管部门完成水文基础设施建设，并按相关技术规定、规程负责本站设施设备的操作使用和管理养护；为防汛减灾、水资源开发利用和保护管理等国民经济建设需要做好水文服务工作；进行区域水文调查；管理属站（所属委托雨量站）；配合其他测站完成业务互相工作，服从分局领导；完成局领导交办的临时任务。

    水文是水利的尖兵，防汛抗旱的耳目，水文工作是一个需要忍得住寂寞、耐得住艰苦，默默奉献的行业。多年来，水文在防汛减灾，国民经济建设中起到不可估量的作用，但由于行业特殊性，水文的社会知名度还待提高。在水环境上升为当今世界四大战略资源的今天，水文工作的重要性更加突出，水文现代化以及水资源论证等工作的开展也对水文工作者提出了更高的要求。21世纪的红河水文将紧紧抓住西部大开发的历史机遇，全面适应经济社会发展对水文工作的要求，提高技术创新能力和管理水平，拓宽水文服务领域，为水资源统一管理和国民经济建设，为社会进步提供优质高效的水文服务。